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在本教学指南中,我们将探讨由10x Genomics公司提供的人类外周血单核细胞(PBMCs)的单细胞ATAC-seq数据集。本节中所涉及的所有文件均可在10x...
当我们编写 shell 脚本时,我们通常会在脚本中包含其他较小的程序或命令,例如 awk 操作。就 Awk 而言,我们必须找到将一些值从 shell 传递到 A...
它是一个功能强大的Python框架,用于以非常灵活的方式从任何网站提取数据。它使用 Xpath 来搜索和提取数据。它很轻量级,对于初学者来说很容易理解。
目前,Python 深度学习领域已经涌现出多个由科技界巨头如 Google、Facebook 和 Uber 等公司公开发布的框架,这些框架旨在帮助开发者构建先进...
本文[1]介绍了如何在Seurat软件中将查询数据集与经过注释的参考数据集进行匹配。我们展示了如何将来自不同个体的人类骨髓细胞(Human BMNC)的人类细胞...
当我们揭开 Awk 功能部分时,我们将介绍 Awk 中内置变量的概念。您可以在 Awk 中使用两种类型的变量:用户定义的变量和内置变量。
Pandas 是一个 Python 库,它提供灵活的数据结构,使我们与数据的交互变得非常容易。我们将使用它将数据保存在 CSV 文件中。
本文[1]介绍了如何在Seurat软件中将查询数据集与经过注释的参考数据集进行匹配。以一个实例来说,我们把10X Genomics公司早期发布的一个包含2700...
Transformer 模型已经遍布各个领域,它们构成了像 ChatGPT 这样的当代语言模型的核心。这些模型还协助了如 Stable Diffusion 和 ...
在本文[1],我们将介绍Awk的更多特性,特别是两个特殊的模式:BEGIN和END。
NextDenovo 是一种针对长序列读取(包括CLR和ONT技术)的新型基因组组装工具。它采取了一种“先校正错误再进行组装”的方法,这与canu工具类似,但对...
本部分[1]将深入学习 Awk 的高级应用,以应对更为复杂的文本或字符串过滤任务。将介绍包括变量、数值表达式和赋值运算符在内的 Awk 功能。
单细胞转录组学极大地提升了对细胞状态进行分类的能力,但要深入理解生物学现象,不能仅仅停留在对细胞群的简单列举上。随着新方法的不断涌现,用于测量细胞的不同状态,一...
这个库通常被称为Beautiful Soup 4(BS4)。它主要用来从HTML或XML文件中抓取数据。此外,它也用于查询和修改HTML或XML文档中的数据。
在这一部分,我们将探讨Python的requests库,并且利用这个库来进行网页数据抓取。那么,我们为何需要这个库,以及怎样利用它呢?
假设告诉你有一种新的方法可以像相关性一样衡量两个变量之间的关系,甚至可能更好,你会怎么想呢?具体来说,2020年发表了一篇名为《一个新的相关系数》的论文,介绍了...
Hifiasm[1] 是一个快速的单倍型解析 de novo 组装软件,最初设计用于 PacBio HiFi 读取。其最新版本可以通过利用超长的 Oxford ...
本文[1]介绍了Seurat 5.0.0中的加权最近邻(WNN)分析方法,这是一种用于整合和分析多模态单细胞数据的无监督框架。
在之前关于 Awk 工具的系列文章中,主要探讨了如何从文件中读取数据。但如果你希望从标准输入(STDIN)中读取数据,又该如何操作呢?
接下来,本文会向大家阐述 HTTP 请求中的“请求头”(headers)的概念,并通过实例来帮助大家理解。让本文直接进入主题。
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