创建应用
在选定工作项目页面，选择应用栏的新增，选择应用类型为 WDL，输入必要信息（应用名称、类型等）提交即可创建新应用。
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平台支持多种方式新建 WDL 应用，包括通过 Git 导入代码仓库文件或直接导入平台提供的公共应用，也支持创建空白应用，从0到1通过代码编辑或者图形编辑模式构建应用文件。
方式一：导入 Git 应用
填写应用基本信息（如应用名称、描述等）和 Git 仓库相关信息，私有仓库需填写 Git 用户名及密码（如涉及 Github 地址，请填写 Token）。
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点击下一步，验证 Git 信息后选择目标 branch 或 Tag，确认后完成导入。
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方式二：创建空白应用
进入新建 WDL 流程，在新建应用弹窗内，选择创建空白应用，填写必要的应用信息，如应用名称、编辑模式，描述等信息，确认后完成新增。
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方式三：导入公共应用
方式一：在公共仓库中选择公共应用
首页侧边栏选择公共仓库，上方 Tab 切换至公共应用，通过搜索名称或筛选分类，找到需要的公共应用，单击该应用卡片的导入项目。
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显示导入项目弹窗，填写应用名称，选择应用导入的工作项目（公共应用暂仅支持代码编辑模式使用）。
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方式二：在工作项目中导入公共应用
进入任意工作项目，单击应用模块右上角公共应用。
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下拉框中显示常用公共应用，支持快捷导入至当前工作项目。单击下拉框下方更多应用，可跳转至公共仓库 > 公共应用列表页，查看更多公共应用。
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单击下拉框待任意公共应用的导入项目，显示导入项目弹窗，需填写应用名称。（公共应用暂仅支持代码编辑模式使用）。
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注意：
在同一个工作项目内，应用名称不能重复。
编辑应用
1. 导入 WDL 文件
在应用编辑页面的资源管理器中，可以上传本地的 WDL 文件。
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WDL 文件需使用“.wdl”结尾。
上传 zip 文件可以将本地的项目打包上传，如果上传的 zip 文件较大，请在上传成功后，稍等片刻再刷新页面查看文件。
在资源管理器中，可使用右键菜单进行新增，删除，重命名，和设置主文件的操作。
设置主文件需要保存才能生效。
2. 编辑 WDL 文件
单击在资源管理器中创建的 .wdl 文件打开编辑界面，可以编辑 WDL 文件。
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一个应用必须有且只有一个 workflow，作为应用的主文件，如 main.wdl。
按照 WDL 语法规范编写 WDL 工作流，完整 WDL 语法可参见 WDL 官方文档 。
DAG 概览图可帮助梳理任务之间的依赖关系，单击右上角 DAG 按钮即可查看当前应用概览图, 目前仅支持查看单 WDL 应用的 DAG 概览图。
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3. 保存及校验
单击保存并校验保存并验证文件，需要选择作为入口的 WDL 主文件。
在保存前请勿退出浏览器以避免文件编辑内容丢失。
workflow meta 支持指定以下字段设置最终输出到 COS 的路径：
○ final_workflow_outputs_dir：运行结果输出 COS 路径。
○ use_relative_output_paths：使用相对路径输出，即只保留任务运行目录内的目录层级。使用时需注意不同的任务需要指定不同的目录以避免 COS 文件相互覆盖。
运行应用
运行应用的选项有两个，一个是项目页面应用下方的运行，另一个是在应用的编辑页面右上角的运行应用。
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运行时需要选择作为运行入口的 WDL 文件为主文件。
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1. 设置运行任务
在同一个工作项目内，任务名称不能重复。
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运行选项
使用 Call-Caching 功能：使用 Call-Caching 功能，完全相同的任务无需重复执行，将自动使用之前的运算结果。
使用相对目录输出：若使用相对目录输出，所有作业输出文件将归档至相同目录，即只保留任务运行目录内的目录层级，需确保各个作业输出文件不重名。不勾选时，将保留任务多次运行的所有结果至指定目录。
举例：
当某工作流任务输出目录设置为"cos://bucket-12345678/pipeline/output"，作业中输出的文件为sample.vcf：
若选择使用相对目录输出，最终输出文件为：cos://bucket-12345678/pipeline/output/sample。当不同作业中有重名输出文件时，将在任务输出目录下产生文件冲突，冲突的文件会相互覆盖；
若不勾选使用相对目录输出选项，最终输出文件为：cos://bucket-12345678/pipeline/output/wgs/ade68a6d876e8d-8a98d7e9-ad989a8d/call-gatk/execution/sample.vcf。不同作业输出到不同的目录中，重名输出文件不会造成冲突。
本平台支持两种运行失败模式（Cromwell 特性），NoNewCalls 和ContinueWhilePossible, 可指定在工作流执行期间针对作业失败的情况采取相应的操作。
○ NoNewCalls (默认)：一旦作业失败，Cromwell 不会立即启动任何新程序。Cromwell 仍将监控其余的工作，直到它们完成（成功与否）。
○ ContinueWhilePossible：尝试运行尽可能多的作业，直到无法再启动为止。当所有正在运行的作业都完成时，工作流将失败。
关于运行失败模式更多介绍，可参见 Cromwell 官方文档 。
任务输出目录（可选）：指定任务输出目录后，作业输出文件将归档至该目录。
缓存保留期限：缓存保留期限分为4档：24小时、3天、7天和永久。
注意：
超过设定保留期限时，缓存将被删除，届时可能对 call caching 功能产生影响。
2. 设置运行参数
运行参数可根据 WDL 解析出的参数填写。
运行参数必须按照 WDL 中声明的类型，提供有效的值。
部分有默认值的参数可保留默认值。
变量名左上角带有星号的为必填输入。
可以将运行参数保存为模板，以后直接调用，也可下载输入参数为 JSON 文件。
平台为公共应用提供了参考模板，导入工作项目时，匹配工作项目所在地域的参数模板，在运行参数设置页可选择相应模板。
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3. 投递单个任务
单个任务无需上传表格，手动完成运行参数的设置即可完成投递。
4. 批量运行
输入文件不同，整体流程相同的情况下，用户也可以通过上传表格批量投递任务。详情参见 可视化批量任务投递及管理。
查看任务
1. 查看任务组状态
工作项目中，显示各个任务批次的运行进度及时间。
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在任务批次栏，每行数据对应一次投递的所有子任务组的状态，对应状态显示的是该批次所有子任务状态的汇总，悬停在状态栏上方会显示具体进度。
单个子任务投递也视为一个任务批次。
2. 查看任务详情
选择某任务批次的详情选项，可进入该批次详情页面。查看该批次任务执行进度。
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批次详情页面，可查看该批次任务执行进度。
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可通过子任务列表查看单个子任务的状态，子任务列显示的子任务名称为对应的 subtask_id。
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作业列表显示一个子任务投递中的全部作业，分为 Task，Scatter，Workflow 三种类型，其中 Scatter 和 Workflow 包含子项目，可单击查看。
Task 为最小的任务单元，可以在作业详情中查看命令行，资源，日志和监控。
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版本管理
版本管理功能涵盖发布和历史时间轴两大功能，能帮助您更好地掌握应用的进展和质量情况，从而提高应用的效率、质量和性能，优化工作流的开发和管理。
发布功能：通过发布功能，您可轻松发布正式版本，待权限管理功能上线后，您可以在不同成员范围内控制查看和使用权限，以更好地管理应用的版本。
历史时间轴：通过时间轴，您可查看历史和版本记录，追溯应用开发过程，帮助您及时发现、解决和优化问题，提高应用质量和性能，并优化您的开发流程和管理规范。
发布应用版本
工作流阶段性开发完成后，您可以发布正式版本。发布前请确认应用无语法错误且已设置主文件。确认无误单击右上角的发布，即可进入发布流程。
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单击发布会触发保存和校验流程，通过校验后进入发布流程，显示弹窗“发布版本”，填写发布版本名称、描述，选择参数模板后确认，完成发布。
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发布完成后，在历史版本时间轴内可切换至该版本，支持查看和运行该历史版本。
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说明：
历史版本仅支持查看和运行，不支持在应用内编辑、删除、发布。
查看历史记录和版本记录
查看时间轴
时间轴是应用完整历史记录的可视化展示，包括版本记录和历史记录。时间轴视图按时间顺序排列，展示了应用工作流文件的所有更新，您可以通过时间轴追溯开发过程的关键时间节点，比较不同版本和历史记录，使得管理和控制开发过程更加容易。
查看历史记录
在时间轴视图中，应用文件每次更新后保存，都会生成一条历史记录。单击任意历史记录，资源管理器界面内容切换至该历史记录对应文件。
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说明：
历史记录仅供查看，不支持编辑、运行、发布和删除。
查看历史版本
时间轴视图中，发布的正式版本按历史版本同样按时间顺序排列，单击任意历史版本，资源管理器界面内容切换至该历史版本对应文件。
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